融水縣境古為百越地。

秦屬桂林郡。

漢元鼎六年(公元前111年)為潭中縣地，屬郁林郡。

南齊建元三年(公元481年)置齊熙縣，兼置齊熙郡，郡縣治所均在今融水鎮。

南梁大同元年(公元535年)在今縣城水東置東寧州。

隋初撤銷齊熙郡。文帝開皇十八年(公元598年)東寧州改為融州，齊熙縣改為義熙縣。煬帝大業二年(公元606年)撤融州，將義熙縣并入始安郡。

唐武德四年(621年)復設融州，轄義熙、武陽、黃水、安修四縣。武德六年(623年)，改義熙縣為融水縣(此為融水得名之始)。天寶元年(742年)改融水縣為融水郡，乾元元年(758年)復為融州。

五代時期仍設融州，轄融水縣。

宋至道三年(997年)為融州融水郡，崇寧初置清遠軍節度。大觀元年(1107年)為黔南路帥府；大觀三年(1110年)為下都督府。

元朝置安撫司。至元十六年(1279年)置融州路總管府。二十二年(1285年)降為散州。

明洪武二年(1369年)撤融水縣并入融州。十年(1377年)，降州為縣(稱融縣)，屬柳州府。

清朝，融縣名稱不變，屬柳州府。

民國時期，仍稱融縣，先后隸屬柳州府(1912年)；柳江道(1913年)、柳江區行政督察委員會(1926年)、柳州民團區(1930年)、柳州行政監督區(1934年)、第四行政區(1940年)、第二行政區(1942年)、第十五行政區(1949年)。

中華人民共和國時期：1949年至1952年7月融縣屬柳州專區。1951年7月，融縣人民政府從融水鎮遷至長安鎮。1952年9月成立融安縣。

1952年11月，以原融縣中區為主，從羅城縣劃出今中寨、桿洞、三防、汪洞、滾貝；從三江縣劃出今大浪、白云、紅水、拱洞，成立大苗山苗族自治區(縣級)，屬宜山專區。1953年從貴州從江縣劃出大年鄉、安里鄉和融安縣的和睦、永樂鄉歸屬大苗山苗族自治區。

1955年改稱大苗山苗族自治縣，屬宜山專區。(1958年后屬柳州地區。)

1965年改稱融水苗族自治縣(屬柳州地區)。

2002年11月，融水苗族自治縣劃歸柳州市管轄。